Die erste DÖAV-Sektion, die das Arbeitsgebiet um den Wangenitzsee betreut hatte, war die Sektion Haida in Nordböhmen. Nach dem ersten Weltkrieg fehlten dieser Sektion aber die Mittel um das geplante Hüttenbauprojekt zu realisieren. Der Hüttenbauplatz wurde daher der DAV-Sektion Moravia Brünn zum Bau einer Hütte übergeben. Diese Sektion hat mit einer Zwangsumlage an ihre Mitglieder und mit großzügigen Spenden die Hütte erbaut und am 8.8.1927 feierlich eingeweiht.

Anlässlich des 50-jährigen Bestehen der Sektion Moravia im Jahr 1931 wurde neben der Hütte ein Gedenkstein, der auch heute noch besteht, für die im ersten Weltkrieg gefallenen Mitglieder der Sektion Moravia errichtet, zugleich wurde auch die Erinnerung an die Sektion Haida wachgehalten.

Nach dem zweiten Weltkrieg im Jahr 1947, fiel die Hütte einer Brandstiftung zum Opfer und so stand nun ca. 20 Jahre eine Ruine am Wangenitzsee. Da die Sektion Holland (NBV) des Österreichischen Alpenvereins großes Interesse an einer eigenen Berghütte in den österreichischen Alpen hatte, baute diese unter fachkundiger Anleitung von Prof. Oberwalder die Wangenitzseehütte wieder auf. Somit konnte die neu errichtete Wangenitzseehütte am 6.8.1966 wieder feierlich eingeweiht werden.

Im Jahr 1998 trat der NBV aus dem Österreichischen Alpenverein aus und gründete mit dem Niederländischem Verein KNAV den NKBV (Niederländischer Kletter und Bergsportverein). Da jedoch das Interesse an der Wangenitzseehütte vom Niederländischen Verein nicht mehr gegeben war, übergaben diese, die Berghütte in der Schobergruppe wieder an den ÖAV und somit ist die Sektion Lienz seit 2009  Besitzer der Wangenitzseehütte.